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幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并严格禁绝天主教及其他基督宗教。幸存的信徒被迫成为了地下信徒。此后到19世纪中期，日本本土再没有发生大规模的战争。对基督宗教的禁绝直到明治维新时期方取消。
事后幕府调查时，调查者在松仓胜家住宅的桶中发现农民的尸体，因为此事而被幕府没收领地并被斩首（通常幕府对大名的处断是较为名誉的切腹，松仓胜家是德川幕府历史中唯一被下令斩首的大名）；此外，当初对天草地区检地时给予过大石数判定而导致居民生活困苦的唐津藩主寺泽广高已死，但其子次任藩主寺泽坚高同样被问罪而没收天草领地，之后精神异常而自杀。
1647年，天草成为幕府的直辖领（天领）。被任命为天草代官的铃木重成一方面劝诫居民改宗佛教，一方面致力于复兴当地（ps：记忆中是让伊予那儿的人们过来到岛原开荒）。但铃木统治天草时，开始怀疑当年寺泽广高检定的石数（农田收入三万七千石，桑、茶、渔业与盐业的折合收入五千石，合计四万二千石）过高而决定再次检地，并且多次向幕府提出将天草的石数减半为二万一千石的要求；在多次被幕府以没有先例的理由拒绝后，铃木在1653年于江户自宅留下年贡减半的请求书后切腹自杀。幕府震惊之下才开始检讨石数减半的决策，继任天草代官的重成养子铃木重辰同样多次请求石数减半，最后在1659年天草地区的石数终于得以减半，铃木重成、重辰等人也在天草当地受到长久的奉祀。
