一个宝可梦改版游戏意味着以下三点：
1.官方不承认，甚至官方认真起来可以算侵权；
2.信息内容参差不齐，不一定是一个固定的世界观；
3.可能会有各种私货。
而特别篇赤的改版，就显然是一个标准的具有上述三个特色的改版。
1就不说了，主要说2和3。
特别篇赤的主线剧情基本脱胎自特别篇漫画的故事，在许多细节部分都有努力的还原，但是它又不仅仅是还原漫画剧情，根据欧美读者自身的理解和欧美读者的喜好做了不少补充，由此产生了一个虽然是特别篇世界但又明显不是的世界。当然尽管如此，特别篇的剧情虽然比TV版来的更“少年向”，也没到可以说是黑暗的程度。
黑暗的原因在于作者的私货。欧美改版作者在宝可梦上特别执着于大刀阔斧、都市传说和“原创”自制宝可梦的设计。早期的织女星等“星座”改版就有许多自制的宝可梦，而在如白金光、釉色等改版中，倾向于脱离gf的背景自己原创一个世界，又比如蛇纹木、特别篇等，就更喜欢都市传说和恐怖要素。
在海外宝可梦的都市传说里，一般那种基于本身剧情和现实事件的，比如森之洋馆，都是日本人比较热衷，而一到了“黑市买到奇怪的宝可梦卡带”和“因为bug进入了奇怪的地图”，就是欧美人的区域了。特别篇赤正是把这些都市传说融入了改版，比较典型的就是紫苑塔的活埋人形和白色鬼手。还有以皮皮为原型的恐怖宝可梦、遭遇海盗的游轮、暴走的3d龙，这些都带有欧美更喜欢冒险与科幻的特色，并融入了许多欧美恐怖片的故事。很显然，这个改版作者相当喜欢这样的故事，而从二周目正宗、小辉、小粉的遭遇，也能看出来作者不但喜欢恐怖故事，也很喜欢致郁的展开。
从二周目起，这个改版可以说跟特别篇几乎没有什么关系了，反而与TV版的结合更加紧密。无论是橘子联盟道馆亦或是小智的乱入，表示这个世界逐渐成为漫画与TV两个世界观的融合产物，而在作者想表达的内容里，玩家可以明显看出，特别篇代表现实，TV版代表理想，二者泾渭分明，在现实里理想总是摔得粉碎，才有了小智与皮卡丘那令人唏嘘的故事。同时，在二周目多了许多大家从没见过的宝可梦，其实这些宝可梦，包括湖龟、抛锚鲨、小火熊、长相不一样的月桂叶等，基本上是官方版本的废案。
关于废案可以看A兵者大佬的回答：
无论以上种种，都可以看出，特别篇赤的作者心里，宝可梦世界并非是一个童话世界，而是一个同样存在各种犯罪者与悲剧的现实舞台，并不是所有训练师都可以安稳到达石英高原，甚至可能在一开始他们就只是因为别无选择。这为宝可梦提供了一种更接近本源的解读方式，仅此而已。
