因为很明显，碇源堂已然背叛了seele，seele在力天使事件后已经逐步怀疑他的行为动机，至派出渚薰时双方已经完全决裂。
碇源堂的计划一开始就和seele不同，私自盗走Lilith的灵魂，这件事情seele没有意识到；偷取Adam胚胎，seele也没有察觉（加持良治本来就是挂在碇源堂脖子上的铃铛，可惜双面间谍谁都不信）；到了初号机400%后，seele开始明白局面失控了（唯被初号机吞噬这件事情，seele和碇源堂都明白是和初号机彻底合二为一了；但此次初号机还吞噬了S2机关，这代表初号机在拥有灵魂后，也具备了使徒的力量果实的能力。是真正意义上的“人造神”）；后面音乐天使找借口丢了朗其努斯之枪，seele就明白了碇源堂已经背叛了；子宫天使事件后，双方已经明摆着翻脸（碇源堂不惜出卖赤木律子来掩盖凌波的问题，而seele则是不惜绑架冬月来透析碇源堂的计划）。最终渚薰的入侵已然是双方互相出卖的结局（渚薰作为seele计划的废弃品，作为Adam一族最后的存在必须消灭。但把完整的自由天使塞过去，相当于在试探源渡的底牌：没有不觉醒的初号机或者Lilith绝对是拿不下渚薰的。当然渚薰选择自杀是另一个问题）
因而当NERV完成消灭使徒的既定任务后，就成为了阻挡seele计划的唯一对手。seele的补完计划是和Lilith订下的，使得人类融合飞升成神的计划。这个计划不需要一个实体的、拥有个人意志的“人造神”。初号机是作为祭品，而不是来主导的；而seele已知的碇源堂的计划已经明确脱离seele的控制（拥有人造神，Lilith消失但又出现，核心构成计划关键内容的都是一家人）。因而歼灭NERV是必然的
当然，seele最初的布局上，可能从一开始就有在关键时刻把NERV全部牺牲掉的意思。毕竟NERV在完成使命后，是具备这个世界最强军事能力的国家（3台EVA，并且不顾任何原因将后续非量产型号都给NERV）
