嘿嘿，这个问题，还真是个问题。
总体来看，是要交纳增值税的，但是总局并未发文明确，各省税务机关政策也不一致。
总局口径：国家税务总局12366纳税服务平台2017年01月17日答疑，是“按照目前营改增政策相关规定，纳税人代扣代缴个人所得税取得的手续费收入应属于增值税征税范围，应缴纳增值税。”
地方口径：目前就营改增后个人所得税手续费返还明确征收增值税的地区有深圳国税、内蒙古自治区国税、厦门国税、福建国税、大连国税、安徽国税、 辽宁国税(咨询12366)按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。（注：适用于所在地区的所有公司）
1、深圳国家税务局全面推开“营改增”试点工作指引（之一），四、代扣代缴个人所得税的手续费返还，根据现行税收法规，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
2、内蒙古自治区国家税务局全面推开营改增政策问题解答三，一、代扣代缴个人所得税的手续费返还纳税问题，根据现行税收法规，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—经纪代理服务”缴纳增值税。
3、厦门国税，代扣代缴个人所得税返还的手续费收入如何征税？答：代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
4、福建国税，12366营改增热点问答（7.11）于2016年7月15日发布，我公司为员工代扣代缴个人所得税，收到地税部门返还的手续费，需要缴纳增值税么？税率多少？答：需要按照提供经纪代理服务征收增值税，税率6%，征收率3%。
5、大连国税，企业从税务机关取得的代扣代缴企业所得税和增值税的手续费，是否需要缴纳增值税？如果缴纳增值税，属于哪一税目？（营改增之前，地税机关不就该项所得征收营业税。）答：按经纪代理服务缴纳增值税。
6、安微国税，12366咨询热点问答解答（2016年9月）问题三、企业为员工代扣代缴个人所得税，税务机关返还的代扣代缴收入是否缴纳增值税？
答：代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。经纪代理服务，是指各类经纪、中介、代理服务。包括金融代理、知识产权代理、货物运输代理、代理报关、法律代理、房地产中介、职业中介、婚姻中介、代理记账、拍卖等。
7、辽宁国税：营改增之初答复暂时不征收，辽宁国税答复没有相应政策规定。而2016年10月9日再次咨询12366时答复要征收增值税，税目按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
二、保险公司手续费征收增值税：
河北国税、河南国税、内蒙古自治区国税明确保险公司代扣个人所得税、车船税手续费按经纪代理服务征收增值税。(只适用于所在地区的保险公司，特定企业适用。)
1、河北国税，关于保险公司代扣个人所得税、车船税手续费征收增值税问题（只适用于保险公司）
答：保险公司代扣个人所得税、车船税手续费按经纪代理服务征收增值税。
2、河南国税，保险公司代扣个人所得税、车船税收取的手续费如何征收增值税？（只适用于保险公司）
答：根据财税〔2016〕36号文件规定，经纪代理服务，是指各类经纪、中介、代理服务。包括金融代理、知识产权代理、货物运输代理、代理报关、法律代理、房地产中介、职业中介、婚姻中介、代理记账、拍卖等。
保险公司代扣个人所得税、车船税属于代理服务，收取的手续费应按照经纪代理服务征收增值税。
3、内蒙国税，关于保险公司代扣个人所得税、车船税手续费收入征收增值税问题（只适用于保险公司）
答：保险公司代扣个人所得税、车船税手续费收入，按经纪代理服务征收增值税。
三、不征收增值税：
1、湖北国税，营改增后个人所得税手续费返还、财政返还款以及医院、学校等单位原来使用地税部门监制的收据的，营改增后如何处理？
答：可以开具零税率的增值税普通发票。
【注】湖北国税这个答复是典型的不需纳税观点的代表，支持这个观点人认为： 1、代扣代缴是法定义务，非经营活动，即使没有任何报酬，义务人也必须履行；2、收到的手续费返回收入并非一项经济活动中支付的对价，而是带有奖励性质的财政拨款。
湖北国税，《营改增政策执行口径第四辑》（2016-11-24）八、企业代扣代缴个人所得税取得的手续费是否缴纳增值税？
答：根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《财政部国家税务总局 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》的规定，负有代扣代缴个人所得税义务的纳税人，按照有关规定取得的代扣代缴个人所得税手续费，不缴纳增值税。
2、湖南国税，《湖南省国家税务局营业税改征增值税政策指引之四》（2016-12-26）二十三、保险机构代收代缴车船税以及企业代扣代缴个人所得税取得的手续费是否应当缴纳增值税？
答：保险机构代收代缴车船税以及企业代扣代缴个人所得税的行为，均属于履行税收法律、行政法规明确的法定扣缴义务，不属于销售服务范畴，不征收增值税。
总结：虽然总局明确了执行口径，但毕竟只是答复层面，还没有单独发文明确，建议各位纳税人还是要与当地的主管税务机关进行沟通，再确认一下。
