这是一个非常好的问题，事实上，任何哲学流派都会因其弊端逐渐被其他学派所取代，阳明心学也不例外。
实际上阳明心学的分裂，从王阳明活着的时候就已开始，这一切还得回到王阳明的思想体系本身说起，阳明早年信奉的的是朱熹的那一套功夫论，也即是格物致知。他还去专门格竹子，结果生了一场大病。而王阳明的文集中有《朱子晚年定稿》实际上是在用心学解读朱熹。而阳明即便后来创建了心学也在弟子面前极力推崇朱熹。而作为心学的鼻祖的陆九渊，陈白沙却很少被他提起。这其实也说明了其实阳明心学和朱熹关系更大一些，看似相反，实则为同一硬币的两个面。
因此王阳明在后来的天泉证道中留下了著名的四句教：无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶在格物。后来弟子王艮推崇前一句，强调直入心体以见良知本体，而钱德洪则提倡通过逐步的格物致知来达到至善之境。王阳明在生前曾对于两人的观点做过评析，认为前一句是接引上根器之人的方法，而后面则是对于普通根器的人而言的，并让弟子不可偏执一端。
然而在阳明死后，阳明后学近禅之风盛行，甚至将阳明心学发挥成为了一种故弄玄虚的反智主义。在阳明后学中曾出现在地上打滚并说“试看我良知”的故事。
上根器之人可以单刀直入，类似于禅宗的顿悟一样，直接进入“无善无恶”的心体境界，这也就是“未发之中”。由此也就不用格物致知了。一般大多数人都必须要“格致”。但是后来王门因此竟然分裂了。
王艮自然狂狷接近禅宗，而钱德洪等人稍微谦虚抑制，走的是中道。而到了泰州学派那里，则完全成为了禅宗了。
尤其是罗汝芳等人那里的心学完全是禅宗的简化版。造成了一个相当不好的现象就是人人谈心学，整天纵情山水，虫鱼鸟兽，静坐焚香。由此对于社会的治理和一些实际事物的处理都显示出无能为力。“良知”后来也被用烂了，李卓吾经常出入妓院，却告诉别人他在寻觅良知。而更有心学后人在地上打滚，说自己在寻找良知，为人所耻笑。
而在当时晚明，世界局势也在发生着深刻的变化，西班牙的无敌舰队正开往英国，工业革命的火种已经开始萌芽，而利玛窦等西方传教士来到中国传播了大量的西方科学知识。南方沿海倭寇不断，北方东北地方黑水一带的清人的祖先正在积蓄着力量。而此时的晚明虽然有张居正的万里新政的中兴，但是已经大势已去再也无力振作了。
在这种情况之下，阳明心学的继承者基本上都无所作为，他们只是“闲来无事谈心性，临终一死报君王。”后来面对着清人的入关，士大夫阶层拱手谈心性，几乎丧失了儒家的事功之学，大好江山只能拱手让于他人了。这些固然不能全面推给阳明心学，但是心学的弊端却在这个时期很明显了。
因此儒学在宋明理学之后，清代产生了以考据为学术中心的乾嘉汉学。一般认为乾嘉汉学的学术旨趣似乎只集中于音韵，训诂，等一系列的考证层面。而清代的大哲学家，无一不对王阳明哲学进行了激烈的批评，如王夫之甚至认为：”王阳明之学为邪说“。
清儒将明朝覆灭思想上的责任全部推到王阳明心学上固然不足取，但是晚明儒家不关注致用之学，却是导致明朝士大夫萎靡不振的一个主要原因，因此阳明心学的问题过分关注思辨，而忽视了对于致用的关照，是历代哲学家都认定的一个事实。
